一、深化部门预算改革。对专项资金实行项目库管理的基础上，对每个项目实行“滚动式”预算，逐年对比分析，科学合理确定项目标准。同时，通过减少追加拨款，避免专项资金预算的盲目性和随意性。
二、规范专项资金的申请程序和要求。各单位在申请专项拨款时，应报送申请专项资金的可行性报告，报告主要内容应包括：申请财政专项资金的理由、补助金额和时间期限，补助资金的计算标准及计算方法、补助资金适用要达到的预期目标、经济和社会效益等，财政部门应对申请报告进行认真考证审核，根据年度预算安排的实际情况综合平衡后提出安排意见。
三、建立财政数据信息共享制度。按照公共财政管理要求，运用计算机网络技术，建立工作分帐制度，通过财政专项资金按项目类型进行分类，将检查、调查、审核、备案的情况及时录入项目分帐，及时掌握财政专项资金预算及拨付情况。
四、加大国库集中收付改革的力度。将专项资金全部统一归口管理，扩大财政直接支付范围，将重大专项支出项目实行国库集中支付，减少资金“中转”环节， 增加对专项资金使用管理、监督的透明度。
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