当地海军、海警、加拉帕戈斯国家公园管理部门的相关人员登船检查后发现，船舱内存有大量鱼类，包括濒危动物双髻鲨。相关记录显示这艘船载有约300吨货物。厄瓜多尔环境部发布的一张图片显示，船内堆放的鱼类有一人多高，部分鱼类被砍去了头部。

通报中称，目前20名船员因为可能“违反自然权利”的嫌疑而被当地法院判处“预防性拘留”，涉事船只也被扣押。

北青报记者查询相关船舶资料发现，“福远渔冷999”船长超过百米。加拉帕戈斯国家公园主管巴斯托表示，这是该海洋保护区扣留过的最大船只，但目前船内储存的鱼类来自哪里还不得而知。他表示，将对此事从严查办。目前专家正调查船上所存放鱼类的具体品种。加拉帕戈斯保护协会官方网站引用了厄瓜多尔环境部部长的一份声明。声明中称，由于船上载有年幼鲨鱼乃至刚刚出生不久的鲨鱼，因此他推测一些鲨鱼是在保护区内被捕获的。

北青报记者查询船舶轨迹发现，“福远渔冷999”7月7日从福建马尾港出发，历经一个月左右的航行，于本月初抵达事发海域。

目前调查人员还在调查这些鲨鱼被计划送往何处。巴斯托在接受采访时称，2015年该海洋保护区曾扣押过一艘载有约20万只鲨鱼鳍的渔船，当时这艘渔船计划将这些鲨鱼鳍出口到亚洲。