那么要不要取代李宗仁成为新桂系的最高领导人呢?白崇禧没有这么做，因为他心里明白，自己不擅长于政治，与其争着成为政治领袖，不如借着李的威望专心发展军队，由此开始了李、白合作的蜜月期。需要指出的是，上世纪三十年代中国军人对战争的理解，大部分仍停留在一战时期的阵地战模式中，这使国军在抗战之初，不能适应新的战争模式，导致大量伤亡。白崇禧对于桂军的训练同样如此，导致桂军在投入到上海战场时接连发起无谓的密集冲锋，遭日军重创。桂军在淞沪会战中不仅损失了大量优秀军官(旅长三名，团长四名)，也使其精锐尽丧，很长一段都没恢复元气。好在白崇禧经过这次教训改变了战争观，根据国军的实际情况提出了新的游击战术，并主张“积小胜为大胜”，在很大程度上改变了之后的作战模式。

抗战的爆发，使新桂系重新归属到蒋介石麾下，白崇禧也被调到中央效力，先后出任大本营副参谋总长和军训部部长等要职。八年抗战，白指挥过两次较大的作战，一次是代理第五战区司令长官，调动大别山地区的桂军积极出击，策应武汉守军。另一次是指挥桂南会战，昆仑关的大捷，白也起到不小的作用。但是这两次会战，都以失败告终，尤其是桂南会战的失利，白负有不可推卸的责任。战后，他受到了降级处分。有人说台儿庄大捷白崇禧也有出力，这或许确有其事，但需要指出的是，台儿庄战役只是徐州会战的一个组成部分，而徐州会战的结果，同样是失败了。

桂军参加抗战之后，白崇禧主张对怯战分子予以严惩，尤其是对一批作战不力或临阵脱逃的军、师、旅、团长或撤职或枪决，这在很大程度上为桂军的积极抗战树立了正面形象。然而到了抗战后期，白崇禧也显露出他私心的一面。比如在1944年的桂柳会战中，他将本应承担防守桂林的几个与他有亲信关系的师、团长调走，并抽出了精锐部队以保存元气，反调一个新兵师来承担守城任务，这在很大程度上打击了士气。抗战胜利之际，白崇禧甚至还违背蒋介石不让桂军进入南京受降的命令，暗中指示所属第七军一个师进城受降，给了蒋记中央一个难堪。

内战中的桂军，虽散布在华东、华中两个战场上，但鲜见硬仗，基本在打酱油。白崇禧有自己的算盘，他依然想保存实力。唯一的莱芜战役，还是因为部队主官的异动，而未战即败。桂军在基本没有受到较大损失的情况下，度过了三年，而白也在1948年由国防部长调任华中“剿匪”总司令。

现在有不少人说白崇禧在担任国防部长前夕曾前往东北指挥作战，并在四平大败林彪，白先勇《战后国共东北之争》一文中也指称由于蒋没有采信白崇禧乘胜追击的建议，片面下停战令，给了林彪喘息之机，方导致日后东北惨败。笔者认为，此二说有待商榷。

我们知道，白崇禧前往东北之前的实际指挥者是东北保安司令长官杜聿明，前线指挥由副司令长官郑洞国负责。根据史料记载，白崇禧是在5月17日奉命前往督战的。这里的“督战”是什么意思呢?从字面上理解就是亲临前线监督作战，那么作为督战官的白崇禧有权直接干涉指挥吗?笔者目前还无法给出结论，不过郑洞国《我的戎马生涯》一书对白在东北有相当长篇幅的记述(423页-424页)：