为支持县级公立医院综合改革项目开展，中央按照各县(市)人口、人均财力、纳入改革范围的公立医院数量、年门急诊人次、年住院人次和审计情况等因素综合测算后统筹安排的原则。按照国家关于全面推开县级公立医院综合改革的要求，安排全州5个县(市)中央补助资金1350万元。对县域内政府举办的县级中医医院，应在统筹考虑医院服务能力、服务数量、取消药品加成减少的合理收入等综合因素的基础上，按照中医医院与县级公立医院同等对待的原则安排补助经费。县级公立医院财政补助资金是对县级公立医院取消药品加成减少的合理收入的补助，支持人才培养、设备购置、临床重点学科建设等符合政府卫生投入的公立医院发展项目。截止2016年11月已下达县级公立医院综合改革项目财政补助资金1,505万元，其中，中央补助资金1350万元，省级补助资金155万元(省对下转移支付资金安排)。